Kaplica Najświętszego Sakramentu
Znana również jako Kaplica Świętego Krzyża, została utworzona z dwóch mniejszych u schyłku XV w. Dwupiętrowy nagrobek rodziny Górków, wykonany w 1547 r. przez mediolańczyka zamieszkałego w Krakowie, H. Canavesiego, należy do najwspanialszych dziel renesansowej sztuki rzeźbiarskiej w Wielkopolsce. W zakrystii wikariuszowskiej znajduje się nagrobek biskupa B. Izdbieńskiego (zm. 1553 r.), wyrzeźbiony przez Jana Michałowicza z Urzędowa.

Ztota Kaplica
Powstała w 1405 r. i służyła kultowi maryjnemu - stąd druga nazwa Wniebowzięcia NMP (była też zwana Misjonarską). W 1834 r. utworzono tu mauzoleum Mieszka I i Bolesława Chrobrego, ufundowane przez E. Raczyńskiego. Wystrój owalnego wnętrza nawiązuje do architektury bizantyjskiej. W niszy południowej umieszczono neogotycki sarkofag ze szczątkami pierwszych władców Polski. Wykonano go na wzór nagrobka Bolesława Chrobrego. Nad sarkofagiem, w arkadzie, widnieje obraz Bolesław Chrobry i Otton III u grobu Św. Wojciecha, namalowany przez E. Brzozowskiego. Kopię obrazu Tycjana Matka Boska Wniebowzięta ufundowała Konstancja z Potockich Raczyńska. Twórcą mozaikowej posadzki w kształcie rozety - podobnie jak obrazu - jest L. Salandri z Wenecji. Kaplica nakryta jest kopulastym dachem. Freski wykonał Mueller, który zastosował rzadką i archaiczną technikę enkaustyczną. W rogach kaplicy stoją cztery figury z lat 60. XX w. autorstwa C. Woźniaka. Przedstawiają biskupa Jordana, Bolesława Chrobrego, Mieszka I i Dąbrówkę. W ambicie, naprzeciw Złotej Kaplicy, znajduje się wczesnobarokowy nagrobek biskupa Adama Nowodworskiego (zm. 1634 r.).